Liên kết hydrogen là một loại liên kết yếu được hình thành giữa nguyên tử H (đã liên kết với một nguyên tử có độ âm điện lớn) với một nguyên tử khác (có độ âm điện lớn) còn cặp electron riêng chưa tham gia liên kết. Các nguyên tử có độ âm điện lớn thường gặp trong liên  kết hydrogen là N, O, F.

Bản chất của liên kết hydrogen là lực hút tĩnh điện giữa nguyên tử H linh động mang điện tích dương với một nguyên tử có độ âm điện lớn mang điện tích âm.

Liên kết hydrogen thường được kí hiệu bằng dấu ba chấm (^…) rải đều từ nguyên tử H đến nguyên tử tạo liên kết hydrogen với nó.

\(X - {H^{{\delta ^ + }}} \cdot  \cdot  \cdot {Y^{{\delta ^ - }}}\)